沼氣凈化一般包括沼氣脫水、脫硫和脫二氧化碳。沼氣中的水與硫化氫共同作用， 它能加速管道、閥門和流量計的腐蝕，硫化氫也會污染大氣，因此需要去除。

沼氣如何脫水：發酵裝置中的沼氣含有飽和水蒸氣，可用三種方法去除。

(1)冷分離法。它是一種利用壓力變化引起溫度變化，使水蒸氣從氣相冷凝的方法。 有兩個過程：A節流膨脹冷脫水法。一般用于節流膨脹或低溫分離后的高壓氣體 部分水冷凝。B加壓后冷卻法。如果凈化氣在08MPa冷卻脫水的壓力。

(2)溶劑吸收法。氯化鈣、氯化鋰和甘醇屬于這種脫水溶劑。

(3)固體物理吸水法。吸附是在固體表面力的作用下產生的，根據表面力的性質分為化學吸附( 脫水后不能再生)和物理吸附(脫水后可再生)。

沼氣脫硫：沼氣中的有害物質主要是硫化氫，對人體健康有害，對管道閥門和應用設備腐蝕較強 用。目前，大多數國內用戶沒有安裝脫硫器，造成了嚴重后果。為減少硫化氫對灶具的配套設施 為了延長設備的使用壽命，保證人身健康，必須安裝脫硫器。常溫下脫硫原理：H2S沼氣通過脫硫劑床層H2S接觸活性物質(如氧化鐵)產生 硫化鐵和亞硫化鐵，然后含硫化物的脫硫劑與空氣中的氧接觸。當有水時，鐵的硫化物 物體轉化為氧化鐵和單體硫。這種脫硫和再生過程可以在氧化鐵脫硫劑表面多次循環 大部分被硫或其它雜質覆蓋，直到失去活性。脫硫方法：濕法脫硫和干法脫硫。干法脫硫具有工藝簡單、成熟可靠、成本低等優點 ，并且能達到更好的交貨水平。目前，該方法基本用于家用沼氣脫硫。干法脫硫劑包括活性炭、氧化鋅、氧化錳和氧化鐵 較常用的脫硫劑是氧化鐵。